Alnatura Express ziele auf die Versorgung an Hochfrequenzstandorten wie Bahnhöfen und Pendlerstationen ab. Entsprechend werden dort in erster Linie Reiseproviant und auch das Basis-Sortiment angeboten. Die Ladenflächen sind des Express-Formats sind kleiner. Der erste neue Markt in Leipzig wird auf einer Fläche von rund 390 Quadratmetern entstehen. Alnatura Express hat erweiterte Öffnungszeiten und verkauft zum Beispiel auch an Sonntagen zur Versorgung der Reisenden.
Bislang sind laut Alnatura keine weiteren Express-Standorte in der Planung aber man sei natürlich offen dafür.