Derzeit kann die Lebensmittelindustrie bei Lebensmitteln, die zufällige oder technisch unvermeidbare Beimischungen von genmanipuliertem Material bis zu einem Schwellenwert von 0,9 Prozent enthalten (sofern es sich um Spuren von in der EU zugelassenen und als sicher bewerteten gentechnisch veränderten Organismen handelt), auf eine Extra-Kennzeichnung verzichten. Ist das gentechnisch veränderte Material nicht zugelassen, darf es überhaupt nicht in Lebensmitteln vorkommen.
Die EU-Kommission will diese Nulltoleranz künftig aufheben und einen gewissen Anteil genetisch veränderten Materials erlauben. Denn große Teile der Lebensmittelwirtschaft, vor allem die Importeure von Agrarrohstoffen, fordern, dass die Gentechnik-Regelungen für Futtermittel auf Lebensmittel übertragen werden: Sie fürchten beim Festhalten am Nulltoleranz-Prinzip Versorgungsengpässe bei Importfutter- und -lebensmitteln. Ähnlich argumentiert die FDP. „Wachstum und Wohlstand erreichen wir nur, wenn wir modernen Technologien aufgeschlossen gegenüberstehen und uns nicht von vornherein einer Technologie verschließen", sagte Wirtschaftsminister Philipp Rösler. Die Regierung ist also bei diesem Thema gespalten.